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Gembloux Agro-Bio Tech (GxABT)
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MASTER THESIS
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Amélioration du protocole d'analyse bioinformatique et identification par séquençage haut débit et analyse bioinformatique d'agents antagonistes de Pythium aphanidermatum (Edson) Fitzp en aquaponie

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Depireux, Pierre ULiège
Promotor(s) : Massart, Sébastien ULiège ; Jijakli, Haissam ULiège
Date of defense : 27-Aug-2019 • Permalink : http://hdl.handle.net/2268.2/8189
Details
Title : Amélioration du protocole d'analyse bioinformatique et identification par séquençage haut débit et analyse bioinformatique d'agents antagonistes de Pythium aphanidermatum (Edson) Fitzp en aquaponie
Author : Depireux, Pierre ULiège
Date of defense  : 27-Aug-2019
Advisor(s) : Massart, Sébastien ULiège
Jijakli, Haissam ULiège
Committee's member(s) : Ongena, Marc ULiège
Vandenbol, Micheline ULiège
Willems, Luc ULiège
Sindic, Marianne ULiège
Stouvenakers, Gilles ULiège
Language : French
Number of pages : 93
Keywords : [fr] Suppression, aquaponie, HTS, communautés bactériennes, communautés fongiques, Pythium aphanidermatum
Discipline(s) : Life sciences > Agriculture & agronomy
Life sciences > Biochemistry, biophysics & molecular biology
Target public : Researchers
Professionals of domain
Student
Institution(s) : Université de Liège, Liège, Belgique
Degree: Master en bioingénieur : chimie et bioindustries, à finalité spécialisée
Faculty: Master thesis of the Gembloux Agro-Bio Tech (GxABT)

Abstract

[fr] L’aquaponie est un système de culture hors-sol combinant l’aquaculture et l’hydroponie.
Cependant, ces systèmes manquent encore de moyens de lutte contre les pathogènes car la
présence de poissons empêche un traitement avec des produits chimiques. Ces systèmes étant
vulnérables aux agents pathogènes pouvant se propager dans l’eau, Pythium aphanidermatum
constitue ainsi une menace importante pour ces systèmes. Dès lors, des moyens de lutte
contournant les produits chimiques sont recherchés comme le recours à des agents de
biocontrôles. De plus, un effet suppressif de l’eau aquaponique a été observé sur la croissance
de cet agent phytopathogène. Cette étude se place donc dans cette problématique en cherchant
à identifier des organismes présents dans cette eau aquaponique mais pas dans les eaux
hydroponiques et aquaponiques complémentées. Cela permettrait d’expliquer cet effet
suppressif et de pouvoir développer des agents de contrôle biologique efficaces contre ce
pathogène. Dès lors, des échantillons de rhizoplane, rhizosphère et endosphère d’une
expérience in vivo impliquant l’inoculation de P. aphanidermatum ont été récoltés. L’ADN de
ces échantillons a ensuite été extrait, et les communautés bactériennes et fongiques ont été
amplifiées par PCR en visant les régions V1-V3 de l’ARNr 16S et de l’ITS1 respectivement.
Un séquençage haut-débit Illumina MiSeq a ensuite été réalisé. L’analyse des séquences en
résultant a été réalisée grâce au logiciel QIIME 1.9.1. Les résultats montrent une forte
différenciation au niveau des microbiotes de la rhizoplane et de la rhizosphère qui a permis de
mettre en évidence des organismes qui pourraient avoir un effet antagoniste : Sphingobium,
Agrobacterium, Microbacterium, Azospirillum, Bdellovibrio, Haliangiaceae, Rhodococcus,
Lysobacter et Pseudomonas pour les communautés bactériennes et Catenaria, Pseudozyma et
Penicillium pour les communautés fongiques.


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Author

  • Depireux, Pierre ULiège Université de Liège > Gembloux Agro-Bio Tech

Promotor(s)

Committee's member(s)

  • Ongena, Marc ULiège Université de Liège - ULiège > Agronomie, Bio-ingénierie et Chimie (AgroBioChem) > Microbial, food and biobased technologies
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  • Vandenbol, Micheline ULiège Université de Liège - ULiège > Agronomie, Bio-ingénierie et Chimie (AgroBioChem) > Microbial, food and biobased technologies
    ORBi View his publications on ORBi
  • Willems, Luc ULiège Université de Liège - ULiège > Département de géologie > Pétrologie sédimentaire
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  • Sindic, Marianne ULiège Université de Liège - ULiège > Agronomie, Bio-ingénierie et Chimie (AgroBioChem) > Chimie des agro-biosystèmes
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  • Stouvenakers, Gilles ULiège Université de Liège - ULiège >
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