Etude de prébiotiques de biocontrôle pour lutter contre les maladies de conservation des pommes et agrumes

Abstract

Certains agents de lutte biologique (ALB) ont été identifiés dans le cadre d’un contrôle durable des maladies de post-récolte des pommes et des agrumes. Cependant, leur efficacité est variable en conditions réelles. Ce facteur constitue un frein majeur à leur commercialisation et utilisation. Cette variabilité est notamment due à la variabilité de facteurs abiotiques (température, humidité relative,...) mais également aux communautés microbiennes présentes sur le fruit. L’étude de l’impact de ces communautés microbiennes sur l’efficacité des ALB et leur potentiel effet de protection contre les agents pathogènes est un sujet de recherche intéressant à approfondir. Un des nouveaux axes de recherches actuelles sur ce sujet est d’étudier l’augmentation de l’efficacité de protection de ces ALB ou des microbiotes grâce à l’ajout de molécules, dites adjuvants ou prébiotiques de biocontrôle. Leur utilisation pour lutter contre les maladies de conservation des pommes et des agrumes est encore très peu connue actuellement. Dans ce TFE, cet aspect a été au cœur du travail de recherche contre trois agents pathogènes, à savoir Penicillium expansum, Botrytis cinerea et Penicillium digitatum. Ainsi, ce travail a permis d’analyser l’impact de deux molécules prébiotiques (correspondant à un polyol possédant quatre fonctions alcool et un polyol possédant cinq groupements alcool) identifiées lors de la thèse de Sare (2020) sur le biocontrôle des ALB et des microbiotes des pommes, et sur le biocontrôle des microbiotes des citrons, mandarines et oranges. D’abord, les microbiotes des pommes provenants essentiellement de Gembloux ou Tienen (Belgique) ont été décongelés et les microorganismes cultivables ont été comptés sur boîtes de Petri. Une grande variabilité de concentration en CFU/cm2 est présente entre les microbiotes de la surface des pommes. Ensuite, plusieurs tests de biocontrôle ont été réalisés sur pommes, à l’aide de microbiotes récoltés par Sare (2020) en 2016 et 2017. Des tests d’efficacité de ces microbiotes, en présence ou non d’un ALB et des molécules ont été menés contre les champignons P. expansum souche 880 et souche 27 et B. cinerea souche V. Les résultats avec ce dernier n’ont pas été concluants car le champignon ne s’est pas développé sur le fruit. Les résultats avec les deux souches de P. expansum montrent une certaine efficacité des microbiotes et une augmentation de l’efficacité de ces microbiotes par l’ajout des molécules (jusqu’à 70%). Ces résultats, bien qu’encourageants, sont variables et nécessitent une recherche plus approfondie des prébiotiques utilisés. Une optimisation des concentrations d’inoculation est également indispensable pour améliorer l’efficacité et la stabilité de ces tests. Le microbiote épiphyte des oranges, citrons et mandarines a été récolté. Pour ce faire, quatre microbiotes par type de fruit ont été analysés. Plusieurs lavages ont été effectués, selon le protocole de Sare (2020) sur les pommes. Les microorganismes cultivables ont ensuite été comptés. Des tests d’efficacité de ces microbiotes et d’augmentation d’efficacité de ceux-ci par l’ajout des prébiotiques de biocontrôle ont été réalisés. Les mandarines et citrons n’avaient par ailleurs jamais été testés au laboratoire de phytopathologie. Les résultats ont été très hétérogènes et présentaient une variabilité très élevée. Un test ECOLOG a enfin été réalisé sur les agents pathogènes et les ALB afin d’observer les sources de carbone les plus métabolisées par ceux-ci en termes d’augmentation de densité optique mesurée. Les résultats de ce TFE peuvent contribuer à l’avancée des recherches sur l’impact des prébiotiques de biocontrôle sur les maladies de conservation des pommes, notamment grâce aux augmentations d’efficacité observées par l’ajout des prébiotiques de biocontrôle. Par ailleurs, les tests exploratoires sur agrumes ont souligné l’importance de standardiser au mieux le protocole et ont permis également de définir des pistes d’amélioration.