Comparaison de deux méthodes d'extraction d'ADN à partir de matières fécales humaines et amplification des gènes d'intérêt

Abstract

Une des étapes importantes avant la réalisation d’une étude de microbiologie moléculaire consiste à choisir une procédure appropriée pour obtenir un ADN en quantité suffisante et de haute qualité. Deux kits disponibles dans le commerce (QIAGEN QIAmp® PowerFecal® Pro DNA kit et PSP Spin Stool DNA Plus Kit) ont été comparés pour leur efficacité dans l'isolement et l’amplification par PCR en temps réel d’un fragment de l’ADN ribosomal 16S de C. difficile ainsi que de la flore totale à partir d'échantillons de selles humaines. La qualité de l’ADN était bonne dans les deux cas et aucune différence significative n’a pu être mise en évidence entre les deux kits commerciaux. Les kits commerciaux obtiennent habituellement de meilleurs résultats en termes de récupération et de pureté de l'ADN, et enregistrent des résultats plus reproductibles pour les expériences de quantification par PCR que d’autres méthodes traditionnelles d’extraction.