Etude du microbiote bactérien des amygdales du porc en fonction de l'âge et corrélations avec le portage de Yersinia enterocolitica

Abstract

Pour décrire le microbiote des amygdales, des écouvillons stériles ont été réalisés sur les porcs de la Faculté de Médecine Vétérinaire. L’effectif de l’étude est de 5 truies et 17 porcelets. Une analyse métagénétique a été réalisée. L’analyse décrit le microbiote bactérien des truies comme étant dominé par Streptococcus, Moraxella et Actinobacillus. La littérature décrit plutôt les bactéries dominantes comme des Streptococcus, Moraxella, Pasteurellaceae, Staphylococcus, des entérobactéries et Clostridium. Concernant les porcelets, la littérature décrit Pasteurellaceae, Streptococcus, Moraxella, Rothia et Staphylococcus comme les bactéries constituant le microbiote bactérien des amygdales. Avec au sevrage, il y a un changement avec une augmentation de la proportion des Streptococcus. L’analyse des porcelets de la Faculté, donne comme résultats des Streptococcus, Actinobacillus, Porphyromonas, Lactobacillus et Pasteurellaceae constituant le microbiote majoritaire. Il y a aussi un changement pour les porcelets en sevrage avec une flore bactérienne dominée par Streptococcus plutôt que par Actinobacillus. L’idée d’écouvillonner les joues des porcelets au lieu des amygdales n’est pas souhaitable. On ne retrouve pas la même flore bactérienne et certaines bactéries ne se retrouvent qu’au niveau des amygdales. Certains porcelets avaient une concordance dans les bactéries dominantes mais cela ne suffit pas pour analyser les joues plutôt que les amygdales. La méthode utilisée n’a pas permis la mise en évidence de Yersoinia enterocolitica, comme souhaité, probablement à cause du seuil élevé de l’analyse métagénétique ou à cause de l’absence de la bactérie dans la porcherie de la Faculté.