Développement d'une méthode de diagnostic de Staphylococcus aureus génotype B dans le lait de vaches par séquençage Oxford Nanopore Technologies

Abstract

La mammite bovine est une maladie largement répandue en Suisse, faisant donc l’objet de nombreuses recherches. L’inquiétude est présente chez les éleveurs de voir apparaître des mammites cliniques dans leurs troupeaux. En effet, toutes les mammites n’entraînent pas les mêmes gravités chez l’animal et peuvent être traitées plus ou moins facilement. L’espèce bactérienne qui a fait l’objet de ce travail a été choisi parce qu’elle possède une contagiosité importante et un taux de guérison faible. Staphylococcus aureus génotype B (S. aureus GTB) a donc fait l’objet de nos recherches de diagnostic. Le choix de la technologie de détection s’est porté sur le séquençage Oxford Nanopore Technologies. En effet, celui-ci permet une analyse rapide, avec un coût compétitif dans le cas du diagnostic de plusieurs échantillons en même temps, et avec une automatisation possible du procédé. Des séquençages ont été réalisés dans le but d’analyser des produits d’amplification par PCR. La région amplifiée est le gène adlb qui est spécifique au génotype B, il permet donc de discriminer les autres génotypes. Ce choix s’est inspiré de recherches précédentes menées par Sartori et al., 2017. Des résultats positifs sont ressortis du séquençage. Autrement dit, le gène adlb a permis de diagnostiquer le génotype B lors de l’analyse par séquençage haut débit Néanmoins, la limite de détection de la concentration cellulaire n'a pas pu être établie. De plus, une autre région a été amplifiée dans le but d’obtenir des informations sur le profil bactérien de l’échantillon de lait, il s’agit de la région du gène de l'ARN ribosomique 16S. Grâce à cette région, différents genres ont été identifiés comme Providencia, Streptocoques, etc. Cette répartition des genres principaux permet de comprendre l’interaction entre les bactéries, si la mammite est prédominante pour un genre mais aussi d’identifier la microflore du lait d’une vache saine. En conclusion, cette méthode de diagnostic a de belles perspectives d’avenir étant donné qu’elle répond à la demande actuelle sur le terrain c’est-à-dire obtenir une réponse de diagnostic rapide, avec une diminution du coût et qui soit applicable facilement. Il faut cependant répéter les expériences afin d’identifier les paramètres statistiques de la méthode (notamment sa sensibilité) et pouvoir détecter S. aureus GTB jusqu’à la concentration cellulaire seuil attendue par l’office vétérinaire cantonal du Valais.