Thesis, COLLÉGIALITÉ

Abstract

Les dermatophytoses représentent un problème majeur à l'échelle mondiale, avec une prévalence située entre 20 à 25%. La résistance aux antifongiques, en particulier à la terbinafine, est devenue assez préoccupante depuis 2018. Cette résistance a été majoritairement observée en Inde dans des cas de dermatophytoses, mais elle se propage également à l'échelle mondiale, y compris en Belgique.

Dans ce contexte, il devient essentiel de disposer d'outils permettant d'évaluer le profil de résistance et de caractériser les souches de dermatophytes. Le Centre National de Référence des Mycoses de Liège (CNRLM) joue un rôle essentiel dans l'identification des souches de dermatophytes en Belgique. Il utilise généralement une combinaison d'examens macroscopiques et microscopiques, couplée au séquençage du gène ITS2 afin de parvenir à une identification précise de l’espèce responsable de l’infection.

Cependant, la caractérisation des souches appartenant au complexe des espèces Trichophyton interdigitale/mentagrophytes/indotineae s'avère particulièrement difficile en raison de leur forte proximité phénotypique et génotypique. Même si l’utilisation de la spectrométrie de masse MALDI-TOF est courante, cette méthode présente des limites dans la distinction entre les espèces du complexe étudié. C'est pourquoi une nouvelle approche basée sur le gène EF1-alpha a été mise au point durant cette étude. Cette approche a démontré d'excellents résultats et pourrait également être utilisée pour différencier d'autres espèces difficiles à discriminer. Une méthode développée par le CNRLM, appelée Dermacheck, est également utilisée en combinaison avec la méthode EUCAST pour confirmer le profil de résistance des souches. Cette approche s'est révélée être à la fois sensible et spécifique dans la détermination de la résistance. Dans le cadre de ce mémoire, la contribution de 17 laboratoires basés en Belgique a été sollicitée, mobilisant un total de 173 souches de dermatophytes. Cette collaboration multicentrique a permis d’aboutir à représentation diversifiée des souches résistantes à la terbinafine qui circulent en Belgique, renforçant ainsi la fiabilité des résultats obtenus en vue d’une future application aux pratiques cliniques et épidémiologiques.

Dermatophytoses represent a major problem worldwide, with a prevalence of between 20% and 25%. Resistance to antifungal agents, particularly terbinafine, has become a major concern since 2018. This resistance has mainly been observed in India in cases of dermatophytosis, but it is also spreading worldwide, including in Belgium.

In this context, it is becoming essential to have tools for assessing resistance profiles and characterizing dermatophyte strains. The Centre National de Référence des Mycoses de Liège (CNRLM) plays an essential role in the identification of dermatophyte strains in Belgium. It generally uses a combination of macroscopic and microscopic examinations, coupled with ITS2 gene sequencing, to arrive at a precise identification of the species responsible for the infection.

However, the characterization of strains belonging to the Trichophyton interdigitale/mentagrophytes/indotineae species complex is particularly difficult due to their close phenotypic and genotypic proximity. Although MALDI-TOF mass spectrometry is widely used, this method has its limitations when it comes to distinguishing between species in the complex under study. For this reason, a new approach based on the EF1-alpha gene was developed during this study. This approach demonstrated excellent results and could also be used to differentiate other species that are difficult to discriminate. A method developed by the CNRLM, called Dermacheck, is also used in combination with the EUCAST method to confirm the resistance profile of strains. This approach has proved to be both sensitive and specific in determining resistance. For this thesis, 17 laboratories based in Belgium were called upon to contribute, mobilizing a total of 173 dermatophyte strains. This multicentric collaboration resulted in a diversified representation of terbinafine-resistant strains circulating in Belgium, reinforcing the reliability of the results obtained for future application to clinical and epidemiological practices.