Hot water treatment, detection methods and molecular diversity of Candidatus Phytoplasma mali

Abstract

Cette étude porte sur la faisabilité du traitement à l’eau chaude des greffons de pommier pour éliminer Candidatus Phytoplasma mali, ainsi que sur l’évaluation de deux méthodes de détection en PCR imbriquée pour détecter les phytoplasmes et la caractérisation moléculaire du phytoplasme du pommier des pommiers infectés dans les vergers du CRA-W. Candidatus Phytoplasma mali est le phytoplasme qui infecte de façon pérenne les pommiers et provoque la prolifération du pommier. Il n’existe aucun traitement curatif public pour éliminer C. P. mali, et il est recommandé de détruire l’individu malade pour éviter sa propagation dans le verger. Au Centre Wallon de Recherche Agronomique, les vergers conservatoires présentent des individus infectés. La dispersion de variétés, parfois uniques, mais contaminées par la bactérie ne peut avoir lieu, et leur destruction entraînerait une diminution des ressources génétiques des pommiers en Wallonie. Une méthode curative a déjà montré son efficacité contre d’autres espèces de phytoplasmes infectant des arbres fruitiers : le traitement à l’eau chaude des greffons. Dès lors, il serait utile de s’assurer de la présence du phytoplasme dans le pommier ainsi que de connaître la souche, cette dernière pouvant caractériser la virulence de la maladie. Quatre modalités de température-temps ont été testées pour le traitement à l’eau chaude : trois modalités à 45°C pendant 60, 90 et 180 minutes, et une modalité à 50°C pendant 15 minutes. Deux expérimentations ont eu lieu : la première a été réalisée en novembre 2023 en utilisant le greffage en écusson, et la seconde en mars 2024 en utilisant le greffage en fente. La validation des deux méthodes de détection a été réalisée en évaluant la sensibilité, la spécificité, la sélectivité, la reproductibilité et la répétabilité de celles-ci. Une méthode se concentre sur la séquence du gène ribosomal 16S, recommandée par l’EPPO, et l’autre sur la séquence du gène secA, qui est complémentaire aux méthodes mettant en évidence le gène ribosomal 16S. La caractérisation de la diversité moléculaire de C. P. mali a été réalisée en séquençant trois séquences de gènes : 16S, secA et hflB. Les résultats des traitements à l’eau chaude n’ont pas permis de déterminer l’efficacité de la méthode durant la durée de ce travail, et la présence de C. P. mali devra être réévaluée dans le futur. Les méthodes évaluées ont montré que la sensibilité de la PCR imbriquée en 16S est intéressante lorsque la concentration attendue en phytoplasme dans les tissus est faible, mais ne présente pas toujours des résultats fiables et doit donc être confirmée soit par séquençage, soit par une autre PCR imbriquée. La PCR imbriquée en secA a une sensibilité faible mais, une fois séquencée, permet de bien différencier l’espèce du phytoplasme dans le groupe 16SrX. Enfin, la diversité moléculaire des gènes analysés a révélé que trois individus symptomatiques des vergers du CRA-W ont une virulence moyenne et douze une virulence élevée, donnant ainsi une direction pour la gestion future des pommiers infectés.