La métagénétique bactérienne, un nouvel outil pour étudier l'éthologie de la maladie respiratoire infectieuse canine ?

Abstract

Ce travail vise à caractériser l’ensemble du microbiote pulmonaire bactérien en cas de maladie respiratoire infectieuse. Cette maladie présente une étiologie complexe comprenant beaucoup d’agents étiologiques dont des virus et des bactéries parmi lesquels on retrouve des agents connus et d’autres émergents. La pathogénie de la maladie respiratoire infectieuse canine est complexe puisque les différents agents étiologiques agissent ensemble selon divers moyens. Bien souvent, ce sont les virus qui préparent le terrain et le fragilisent permettant une surinfection bactérienne. Cependant, il existe des moyens de prévention contre cette maladie qui permettent de protéger le chien vacciné contre certains agents étiologiques (le virus parainfluenza canin, l’adénovirus canin de type 2 et l’herpèsvirus canin de type 1et Bordetella bronchiseptica). Malgré les vaccins disponibles, on observe une morbidité importante puisque cette maladie reste très contagieuse et l’immunité contre Bordetella bronchiseptica est courte, mais surtout, il y a d’autres agents étiologiques intervenants. Dix-huit chiens souffrants de maladie respiratoire infectieuse depuis un mois voire plus ont été étudiés, sauf pour un chien qui souffrait de la maladie seulement depuis quelques jours. Ces chiens ont été présentés à la Clinique Vétérinaire Universitaire de Liège entre 2014 et 2018. Ils ont tous subis une endoscopie respiratoire pendant laquelle un lavage broncho-alvéolaire a été réalisé. Ces échantillons ont été analysés par métagénétique en étudiant la séquence du fragment V1-V3 du gène codant pour l’ARN ribosomique 16S. Les résultats ont permis de mettre en évidence 224 groupes de séquences différentes avec une dominance de quatre espèces bactériennes : Bordetella bronchiseptica, Mycoplasma cynos, Mycoplasma sp. (espèce non décrite) et Pseudomonas reidholzensis/entomophila/putida. Certains chiens ont montré un écosystème dominé par une ou deux populations, d’autres un microbiote plus complexe. Des effectifs plus importants seraient nécessaires pour expliquer les causes et conséquences de ces différences mais cette approche diagnostique présente un grand potentiel pour améliorer la prise en charge de ces affections.