Étude du comportement en phase gazeuse du cytochrome C par une approche innovante couplant le marquage covalent par des dérivés NHS-ester et le dépliement induit par collision

Abstract

L’évolution de la structure des protéines lors de leur passage en phase gazeuse est encore méconnue. Dans le cadre de ce mémoire, nous avons utilisé le marquage covalent pour modifier les chaînes latérales d’un type d’acide aminé ciblé afin d’en apprendre davantage sur son rôle structural lors du passage en phase gazeuse. Nous avons étudié l’impact du marquage des lysines sur le comportement en phase gazeuse d’une protéine modèle, le cytochrome C en utilisant le dépliement induit par collision couplé à la mobilité ionique. Différents marqueurs ont été utilisés et leurs effets sont comparés. Ces tests sont accompagnés de l’élaboration d’un protocole efficace, d’une étude de l’impact du marquage sur la structure de la protéine en solution et d’une étude sur les sites de marquage et leur réactivité respectives. Nos résultats montrent que le marquage des lysines par des groupement -Ac entraîne l’adoption de conformation plus compactes, ce qui met en évidence leur rôle structurel en phase gazeuse. La comparaison de l’impact des groupements -Ac avec celui de groupements plus volumineux portant un deux ou trois phényls révèle deux effets dépendants du groupement lié. Une augmentation de l’impact du marqueur sur la structure pour les marqueurs plus volumineux et une augmentation de la section efficace de collision de la protéine marquée. Ces résultats ouvrent la voix à de nombreuses perspectives utilisant la même technique mais en variant la protéine cible ou les marqueurs utilisés afin d’améliorer notre compréhension des phénomènes en jeu.