Évaluation du séquençage à haut débit (NGS) combiné à un outil bioinformatique pour la caractérisation complète de l'infection au streptococcus agalactiae et le remplacement des méthodes actuellement utilisées par le laboratoire

Abstract

Le Streptocoque du groupe B, également appelé Streptococcus agalactiae ou Group B Streptococcus (GBS), est une bactérie cocci à gram positif, présente naturellement dans le tractus gastro-intestinal et génital des porteurs sains. Ce pathogène opportuniste est responsable de la première cause d’infection néonatale chez les nouveau-nés. Elle se manifeste principalement par des septicémies et des méningites. Ce travail de fin d’études s’inscrit dans le cadre de l’évaluation d’une nouvelle méthode de typage basée sur le séquençage à haut débit, ou « Next Generation Sequencing » (NGS). Ce dernier, combiné à l’outil bioinformatique « WGS typer », permet une caractérisation complète de la bactérie. L’objectif de ce TFE repose ainsi sur une comparaison entre les méthodes actuellement utilisées au laboratoire (PCR et MLST) et la nouvelle approche. Les facteurs ciblés sont le sérotype capsulaire, les protéines pili, les gènes de résistance et le « sequence type ». Les résultats obtenus pour les 37 souches étudiées sont majoritairement similaires entre les deux démarches. Au vu des avantages du NGS, il fera prochainement l’objet d’une validation de méthode au sein du Centre National de Référence du GBS.