Etude du régime alimentaire d'Eidolon helvum (Chiroptera ; Pteropodidae) impliqué dans l'écologie des filoviridae (virus d'Ebola et de Marburg)

Abstract

L’émergence de nouvelles zoonoses due aux modifications de l’environnement amène à se poser de nouvelles questions sur les moyens de propagation des virus. La transmission virale peut s’étudier de plusieurs façons, par des études épidémiologiques mais également par l'étude de l'écologie des espèces impliquées. Ce mémoire a pour objectif principal de décrire le régime alimentaire de la chauve-souris africaine Eidolon helvum grâce à des analyses de séquençage d’échantillons de fèces, méthode non invasive. Ces analyses sont réalisées par « métabarcoding », approche possible dans les analyses NGS (Next Generation Sequencing). Les fèces proviennent d’individus d’une colonie installée à Conakry, capitale de Guinée en Afrique de l’Ouest. L’objectif secondaire est d’établir si certaines espèces constituant le régime alimentaire d’Eidolon helvum sont des espèces cultivées par les populations humaines de Conakry ou se situent dans des zones urbaines. Ces espèces peuvent créer des zones de contact entre les chauves-souris et l’homme, et entrainer de potentielles contaminations au virus Ebola de la famille des Filoviridae. Au terme de ce mémoire, de nombreuses espèces et genres de plantes ont été confirmées pour le régime alimentaire d’E. helvum. Nous avons également confirmé notre hypothèse concernant la présence d’éventuels points de contact entre l’homme et la chauves-souris dans les lieux cultivés. Des espèces de plantes typiques des mangroves et de marécages ont également été identifiées, suggérant une mobilité importante de cette espèce de chauves-souris pour se nourrir et l’utilisation de tels milieux par régime alimentaire.