Apport du cross-linking et de la mobilité ionique dans l'étude de la structure de protéines et de leurs complexes

Abstract

L’étude de la structure 3D des protéines et de leurs complexes est aujourd’hui possible grâce à diverses méthodes telles que la cristallographie aux rayons X ou la résonance magnétique nucléaire. Ce travail a pour but de présenter l’apport du cross-linking et de la mobilité ionique dans l’étude de la structure tridimensionnelle de protéines. Deux systèmes modèles sont choisis pour atteindre notre objectif : le complexe VHH-lysozyme et le cytochrome c. Le premier a été employé pour déterminer la zone d’interactions entre ces deux protéines. La majorité des cross-links identifiés pour ce complexe sont en désaccord avec la structure 3D du complexe décrite dans la littérature. Le cytochrome c natif et les cytochromes c cross-linkés ont été analysés par mobilité ionique couplée à la spectrométrie de masse. Nous avons pu mettre en évidence que l’ajout de cross-linkers rend la forme de la protéine plus compacte en phase gazeuse par rapport à son analogue non cross-linké et que la technique de cross-linking permet de figer les conformations en solution.