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MASTER THESIS
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Utilisation de sources de carbone organique chez les microalgues: analyses de données RNA-Seq

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Corato, Amélie ULiège
Promotor(s) : Meyer, Patrick ULiège
Date of defense : 25-Jan-2022 • Permalink : http://hdl.handle.net/2268.2/15423
Details
Title : Utilisation de sources de carbone organique chez les microalgues: analyses de données RNA-Seq
Translated title : [en] Organic carbon source utilization by microalgae: RNA-Seq data analysis
Author : Corato, Amélie ULiège
Date of defense  : 25-Jan-2022
Advisor(s) : Meyer, Patrick ULiège
Committee's member(s) : Remacle, Claire ULiège
Hanikenne, Marc ULiège
Baurain, Denis ULiège
Language : French
Number of pages : 56
Discipline(s) : Life sciences > Biochemistry, biophysics & molecular biology
Institution(s) : Université de Liège, Liège, Belgique
Degree: Master en bioinformatique et modélisation, à finalité approfondie
Faculty: Master thesis of the Faculté des Sciences

Abstract

[fr] Les microalgues sont, à l’heure actuelle, principalement utilisées en tant que source
importante de biomasse et de biomolécules à haute valeur ajoutée. La croissance
hétérotrophe de microalgues se déroule à l’obscurité en présence d’une source de carbone
organique et gagne de plus en plus d’intérêt en industrie. En effet, elle permet notamment
d’atteindre une productivité volumétrique bien supérieure à l’autotrophie. Dans ce
contexte est né le projet DARKMET dont une des parties vise à obtenir une meilleure
compréhension du métabolisme algal en hétérotrophie en utilisant différentes sources
de carbones organiques. Pour ce faire, la microalgue rouge poly-extrémophile Galdieria
sulphuraria 074W a été étudiée et sa croissance hétérotrophe a montré une différence dans
sa pigmentation selon la source de carbone organique utilisée, i.e. elle reste verte-bleue
en présence de glycérol et devient jaune-pâle en présence de glucose. Cette observation
phénotypique intéressante nous a poussé à étudier son métabolisme hétérotrophe plus en
détail et de réaliser un pipeline d’analyse complet de l’obtention de données RNA-Seq
jusqu’à l’identification de gènes différentiellement exprimés.
Galdieria sulphuraria 074W a donc été cultivée en hétérotrophie dans 6 conditions d’ajout
de source de carbone organique différentes. Les ARNs ont été extraits et séquencés via
un séquençage Illumina. La qualité des séquences ainsi obtenues a été analysée graˆce à
au programme FastQC, et le logiciel Trimmomatic a permis une filtration des séquences
afin d’en augmenter la qualité finale. Les séquences filtrées ont ensuite été alignées sur le
génome de référence de G. sulphuraria en utilisant HiSat2 et les alignements ainsi obtenus
ont été comptés grâce à Htseq-count. Enfin, des analyses statistiques ont été menées sur
ces comptes grâce au package R DESeq2. Bien que les données utilisées dans ce mémoire
soient très hétérogènes au sein des réplicats biologiques, le pipeline d’analyse RNA-Seq a
été mené à son terme et pourra être réutilisé sur de futures données de séquençage.


File(s)

Document(s)

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Access Memoire_Corato_Amélie.pdf
Description:
Size: 2.31 MB
Format: Adobe PDF

Author

  • Corato, Amélie ULiège Université de Liège > Master bioinf. & mod., à fin.

Promotor(s)

Committee's member(s)

  • Remacle, Claire ULiège Université de Liège - ULiège > Département des sciences de la vie > Génétique et physiologie des microalgues
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  • Hanikenne, Marc ULiège Université de Liège - ULiège > Département des sciences de la vie > Biologie végétale translationnelle
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  • Baurain, Denis ULiège Université de Liège - ULiège > Département des sciences de la vie > Phylogénomique des eucaryotes
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