Etude de la structuration génétique des populations de lions de Tanzanie à l'aide d'outils génomiques

Abstract

Les populations de lions d’Afrique, Panthera leo leo, ont décliné de manière importante ces dernières décennies. Les menaces telles que la dégradation de l’habitat et les conflits homme-lion, toujours grandissantes, auxquelles le lion d’Afrique fait face même dans les aires protégées, impactent le flux génique existant naturellement entre les populations de lions. Ceci conduit en principe à un épuisement progressif de la diversité génétique au sein des populations, fragilisant potentiellement les populations, et menaçant la survie de l’espèce sur le long terme. La Tanzanie abrite la population de lions la plus importante d’Afrique et présente ainsi un intérêt tout particulier pour la mise en place de stratégies de conservation adaptées afin de contribuer à la protection de l’espèce. Les analyses de la présente étude ont été réalisées sur base de deux marqueurs moléculaires, à savoir 11 microsatellites et 9 184 SNPs, et d’un échantillonnage de 104 lions issus de 6 pays d’Afrique, dont 74 provenaient de Tanzanie. Le principal objectif de cette étude a été d’étudier la diversité génétique des individus de Tanzanie afin d’évaluer leur degré de différenciation et de quantifier le risque de consanguinité au sein des populations fragmentées. Les analyses statistiques basées sur les SNPs ont permis de mettre en évidence trois populations bien distinctes au sein de la Tanzanie : une au Nord, une à l’Ouest et une au Sud-Est. Par ailleurs, ces populations tanzaniennes présentent une bonne diversité génétique et le risque de consanguinité n’apparaît pas important sur base des microsatellites ; les valeurs de FIS obtenues sur base des SNPs sont importantes mais difficilement interprétables étant donné l’absence de données de références pour les félins en général et pour les lions en particulier. Le second objectif de notre étude a été de préciser le statut taxonomique des populations de lions à l’échelle de l’Afrique. Les résultats obtenus confirment la présence de deux lignées génétiquement différentes, à savoir une lignée Ouest/Centre et une lignée Est/Sud, déjà mises en évidence lors d’études antérieures. Cette distinction confirme que le statut taxonomique de Panthera leo leo serait à revoir et que les deux lignées, nettement différenciées, devraient constituer des unités de gestion distinctes en ce qui concerne leur conservation. Enfin, cette étude a permis la comparaison des deux marqueurs moléculaires utilisés. Sur base des résultats obtenus, les marqueurs SNPs semblent être beaucoup plus fins que les microsatellites en ce qui concerne l’étude de la structure génétique du lion.