Thesis, COLLÉGIALITÉ

Abstract

Une majorité des cas de diarrhées nosocomiales infectieuses est due à Clostridioides difficile, une bactérie anaérobie, à Gram positif, sporulé, responsable de colites pseudomembraneuses. Cependant, par un phénomène encore peu compris, certaines personnes ne développent pas de symptômes malgré la présence de la bactérie dans leurs selles. Les facteurs de risques liés à l’infection sont premièrement la dysbiose qui permettrait une meilleure colonisation des intestins par C. difficile, celle-ci pourrait être due à la prise de médicaments, d’inhibiteur de protons, l’âge et une hospitalisation récente qui facilitent également la colonisation de C. difficile (Anjewierden et al. 2021). Ces observations ont permis d’émettre l’hypothèse que le microbiote pourrait exercer une influence sur le comportement de C. difficile (Martinez, Rodriguez, et al. 2022) par un mécanisme encore flou. L’objectif de ce mémoire est de mettre en évidence un changement d’expression des gènes de C. difficile en présence ou non d’un voisinage bactérien à 12h par analyse transcriptomique. Pour ce faire, des expériences de croissance en modèle « transwell » ont été menées à différents temps (1 h, 6 h, 12 h et 24 h) durant lesquels C. difficile se retrouve soit sans contexte microbien, soit entouré d’un microbiote. L’ARN bactérien total a été extrait et l’ADNc a été séquencé. Les données transcriptomiques récoltées au point 12 h, en fin de croissance exponentielle, ont été analysées afin de mettre en évidence des changements au niveau de processus impliqués dans la virulence ou le métabolisme. Le génome complet de notre souche a été séquencé et annoté. Les données de l’analyse transcriptomique ont été soumises à une analyse d’abondance différentielle et à un outil d’enrichissement de fonction créé spécifiquement. La comparaison pairée entre les conditions de croissance après 12 h a montré que 12,17% et 13,63% des gènes de C. difficile voient leur taux d’expression significativement varier en présence de deux microbiotes différents par rapport à la condition sans matière fécale. L’analyse d’enrichissement a montré que C. difficile modifie significativement la voie de Stickland et qu’elle surexprime certains processus liés à la virulence en présence d’un voisinage microbien. L’expression de certains gènes sélectionnés a été validée par RT-PCR et la technique du delta-delta Ct.