Développement d'une approche amplicon sequencing pour l'estimation de la richesse lichénique en Wallonie

Abstract

La demande est grande pour inclure les lichens dans les bilans de biodiversité des sites, notamment forestiers, en Wallonie, qu’il s’agisse de détecter les espèces rares dans une perspective de conservation de la nature ou d’études d’incidence, ou pour étudier l’impact de la pollution ou du réchauffement climatique. Or, ce domaine s’est très peu développé à cause de la difficulté d’identification morphologique des espèces et du manque d’expertise naturaliste. Une alternative pour contourner ces problèmes consiste à développer une approche d’amplicon sequencing pour estimer la diversité d’un site. L’amplicon sequencing a pour but de séquencer en simultané le même gène chez un grand nombre d’organismes. Cette approche est rendue possible par la diminution importante des coûts du séquençage de nouvelle génération. Ce mémoire consiste en une étude pilote pour adapter cette méthode au contexte des forêts wallonnes. En pratique, trois personnes ont récolté des échantillons de toutes les espèces de lichens qu’ils ont visuellement identifiées pendant une heure dans trois sites wallons. Une approche de laboratoire pour extraire l’ADN et séquencer l’ITS2 de tous ces échantillons via amplicon sequencing, et de traitement bioinformatique des données (mothur, blast), a été mise en place pour obtenir la liste des espèces présentes à partir des séquences générées. Les espèces récoltées par les différents récolteurs ont été comparées pour déterminer si le protocole fonctionnait; s’il était possible d’obtenir les identifications des espèces sur base des séquences; s’il était possible d’échantillonner la diversité d’un site en une heure; si l’expérience de l’échantillonneur était importante. Les résultats montrent que le protocole fonctionne et permet d’obtenir l’identité des espèces de lichens récoltées, mais génère aussi une grande quantité de résultats supplémentaires difficiles à interpréter. L’expérience du récolteur semble peu importante, mais la durée d’une heure s’est avérée largement insuffisante. Les résultats suggèrent que des améliorations sont nécessaires, mais que l’amplicon sequencing est une solution prometteuse et financièrement réalisable pour des inventaires de lichens en Wallonie.