Stage et Travail de fin d'étude, 520h St., DAUBE Georges

Abstract

Dans le domaine de la sécurité sanitaire des aliments, il est important d'anticiper et de réagir rapidement face aux dangers présents à chaque étape de la production pour éviter des cas de toxi-infections alimentaires. Salmonella, qui en est un pathogène fréquent en Europe, est soumise à réglementation pour diverses denrées. Dans ce contexte, la spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (FT-IR) représente une alternative rapide et peu coûteuse aux méthodes traditionnelles de typage bactérien. Cette méthode reposant sur la réponse spécifique des composants bactériens aux vibrations infrarouges et dont le spectre qui en résulte représente une véritable signature de la bactérie, nécessite toutefois un protocole rigoureux et des conditions standardisées. Au travers de 115 souches de Salmonella appartenant à 3 sérogroupes et 6 sérotypes ciblés par l'Union européenne, analysées en triplicats biologiques et techniques (1.035 analyses), cette étude a pour objectif d’élaborer un protocole standardisé, en évaluant la capacité de discrimination du classificateur FT-IR pour le typage de cette bactérie et en étudiant l'influence de certains paramètres sur celui-ci. Les régions spectrales situées entre 1.200 et 900 cm-1, correspondant aux hydrates de carbone, se sont avérés les plus discriminantes. D'autres pourraient être explorées pour améliorer la discrimination, particulièrement pour le sérogroupe O:4. L'analyse discriminante linéaire (LDA) s'est également révélée la plus efficace pour différencier les sérogroupes. La variation de certains paramètres, comme la réfrigération des cultures avant incubation, la lecture différée de la plaque FT-IR et l’utilisation d’Eppendorfs classiques, n’ont montré que peu de différences comparativement au protocole standard. Tandis que d'autres, comme la réfrigération avant repiquage et l'utilisation de gélose nutritive (NA) au lieu de gélose tryptone soja (TSA), ont montré des résultats moins concordants avec ceux-ci. Les capacités prometteuses de typage de Salmonella au niveau de leur sérogroupe par la méthode FT-IR, combinées à sa rapidité pourrait permettre la levée plus rapide de mesures temporaires, comme le blocage des lots de volaille, dans la production primaire ou de relier un cas de toxi-infection alimentaire à l’aliment qui l’a occasionnée. Toutefois, cette méthode pourrait encore être améliorée grâce à l'élaboration d'un classificateur basé sur la large collection de souches séquencées que possède Sciensano et à l’entrainement du réseau neuronal artificiel (ANN) du logiciel.