Étude comparative de trois méthodes d'inventaire des micromammifères en Wallonie

Abstract

Context : Considering the importance of improving knowledge of species, communities and ecosystems for their protection and management, it is essential to study the effectiveness of different inventory methods, particularly for under-studied taxa such as small mammals.

Objectives : This study aims to (i) determine the detection efficiency of three small mammal inventory methods, (ii) determine the efficiency in terms of time and cost of these three methods and (iii) analyse the influence of environmental factors on the detection of small mammals.

Location : Semois Valley, Wallonia, South-East Belgium.

Participants : The Department for the Study of the Natural and Agricultural Environment, the Semois and Chiers River Contract, the Semois Valley National Park and the Flemish Institute for Nature and Forest Research.

Methods : Inventory methods using photographic traps adapted to the study of small mammals, live trapping and analysis of environmental DNA samples from water and soil were tested at 12 sites bordering watercourses in the Semois catchment area. At each of these sites, 5 adapted photographic traps, 20 Sherman brand live traps set in pairs, 20 water DNA sample collection points and 20 soil DNA sample collection points were placed along a 100 meter transect. Each survey period lasted 4 nights.

Results : The adapted photographic traps detected 5 taxa of small mammals and the live traps detected 6. Live traps allow precise identification of species, unlike photographic traps, which nevertheless detected taxa on a greater number of sites and on average twice as many taxa per site. The 4 nights of sampling were not always necessary to achieve the maximum number of detections in this study. Nevertheless, no method reached a detection plateau. Live traps outperformed photographic traps after 5.5 surveys. Environmental DNA was the only method to capture the target species (Neomys fodiens), with better results for water samples than for soil samples. eDNA is fast and economical, but camera traps are more cost-effective in the long term. The main environmental factors are the width of the watercourse, the height of the bank and the species richness of the vegetation.

Discussion : This study has several limitations, in particular the small amount of data collected over two months and the unfavourable weather conditions, which influenced the results. Despite this, certain trends are consistent with the literature. Photographic traps detected more taxa, but with often limited identification, unlike live traps, which captured a wide diversity of small mammals but required more effort. Environmental DNA showed great potential despite the need for further validation. In the long term, photographic traps are more economical and less labour-intensive, although they do present a risk of theft. The analysis of environmental factors did not provide any clear conclusions, but more precise surveys could confirm the impact of weather conditions. Camera traps are useful for participatory science, while live traps raise ethical questions.

Conclusion : This study analyses small mammal sampling methods in Wallonia to help identify the most suitable for the study objective, improving the monitoring of rare species and enabling investment in larger-scale studies, facilitating ecosystem management

Contexte: Considérant l’importance d’améliorer la connaissance des espèces, des communautés et des écosystèmes, pour leur protection et leur gestion il est essentiel d’étudier l’efficacité des différentes méthodes d’inventaire, particulièrement pour les taxons sous étudiés tels que les micromammifères.

Objectifs : Cette étude vise à (i) déterminer l’efficacité de détection de trois méthodes d’inventaires des micromammifères, (ii) déterminer l’efficacité en termes de temps et de coût de ces trois méthodes et (iii) analyser l’influence des facteurs environnementaux sur la détection des micromammifères.

Localisation : Vallée de la Semois, Wallonie, Sud-Est de la Belgique.

Acteurs : Le Département de l’Etude du Milieu Naturel et Agricole, le Contrat Rivière Semois et Chiers, le Parc National de la Vallée de la Semois et l’institut flamand de recherche sur la nature et la forêt.

Méthodes : Les méthodes d’inventaires par pièges photographiques adaptés à l’étude des micromammifères, par piégeage vivant et par analyse d’échantillons d’ADN environnemental d’eau et de sol ont été testées sur 12 sites bordant des cours d’eau du bassin hydrographique de la Semois. Dans chacun de ceux-ci, 5 pièges photographiques adaptés, 20 pièges vivants de la marque Sherman mis deux à deux, 20 points de relevé d’échantillons d’ADNe d’eau et 20 points de relevé d’échantillons d’ADNe de sol ont été placés le long d’un transect de 100 mètres. Chaque période d’inventaire a duré 4 nuits.

Résultats : Les pièges photographiques adaptés ont détecté 5 taxons de micromammifères et les pièges vivants en ont détecté 6. Les pièges vivants permettent une identification précise des espèces, contrairement aux pièges photographiques, qui ont cependant détecté des taxons sur un plus grand nombre de sites et en moyenne deux fois plus de taxons par site. Les 4 nuits d’échantillonnage n’étaient pas toujours nécessaires pour atteindre le maximum de détections de cette étude. Néanmoins, aucune méthode n’a atteint un plateau de détection. Les pièges vivants surpassent les pièges photographiques après 5,5 inventaires. L’ADN environnemental est la seule méthode ayant capté l’espèce cible (Neomys fodiens), avec de meilleurs résultats pour les échantillons d’eau que de sol. L'ADNe est rapide et économique, mais les pièges photographiques sont plus rentables à long terme. Les principaux facteurs environnementaux sont la largeur du cours d’eau, la hauteur de la berge et la richesse spécifique de la végétation.

Discussion : Cette étude présente plusieurs limites, notamment la faible quantité de données collectées sur deux mois et les conditions météorologiques défavorables, influençant les résultats. Malgré cela, certaines tendances correspondent à la littérature. Les pièges photographiques ont détecté plus de taxons, mais avec une identification souvent limitée, contrairement aux pièges vivants, qui ont capté une grande diversité de micromammifères mais nécessitent plus d'efforts. L'ADN environnemental a montré un grand potentiel malgré un besoin de validation supplémentaire. À long terme, les pièges photographiques sont plus économiques et moins exigeants en main- d'œuvre, bien qu'ils présentent un risque de vol. L'analyse des facteurs environnementaux n'a pas fourni de conclusions claires, mais des relevés plus précis pourraient confirmer l'impact des conditions météorologiques. Les pièges photographiques sont utiles pour la science participative, tandis que les pièges vivants posent des questions éthiques.

Conclusion : Cette étude analyse les méthodes d'échantillonnage des micromammifères en Wallonie pour aider à identifier la plus adaptée à l’objectif d’étude, améliorant la surveillance des espèces rares et permettant des investissements dans des études à plus grande échelle, facilitant la gestion des écosystèmes.