Mémoire

Abstract

Le carcinome canalaire pancréatique (PDAC) est l’un des cancers les plus meurtriers, dont l’origine cellulaire acinaire ou ductale reste débattue. Mieux comprendre cette question est essentiel car elle influence la trajectoire tumorale et pourrait orienter de nouvelles stratégies thérapeutiques.Dans ce travail, nous avons combiné des données de séquençage unicellulaire (scRNA-seq) et global (bulk RNA-seq) issues de modèles poisson-zèbre, souris et humain. Nous avons intégré des données zebrafish obtenues par 10x Genomics et Smart-seq, défini des signatures murines spécifiques (acinaires vs ductales) et testé leur conservation inter-espèces après conversion en orthologues humains. Enfin, nous avons réalisé une intégration multi-espèces avec LIGER, en évaluant l’impact de la correction de l’ARN ambiant (SoupX, CellBender).Nos résultats montrent une intégration robuste intra-espèce, un chevauchement significatif entre signatures murines et un noyau restreint mais non aléatoire de gènes conservés. Projetées sur les données humaines, les signatures révèlent un signal ductal présent dans les tumeurs et états métaplasiques, tandis que la signature acinaire est largement perdue, en accord avec l’acinar-to-ductal metaplasia (ADM). L’ARN ambiant, particulièrement marqué chez le zèbre, constitue un biais majeur. SoupX préserve mieux la comparabilité inter-espèces que CellBender, qui tend à fragmenter les données.