Stage et Travail de fin d'étude, 520h St., DAUBE Georges

Abstract

Salmonella enterica est l’un des principaux agents pathogènes responsables de toxi-infections d’origine alimentaires. Les méthodes classiques de typage bactérien, telles que le séquençage du génome entier (WGS) ou le sérotypage, bien qu’efficaces, restent longues, coûteuses et techniquement exigeantes. Dans ce cadre, la spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (FT-IR), couplée au système IR Biotyper (Bruker Daltonics), se présente comme une alternative rapide, simple et potentiellement reproductible pour la discrimination bactérienne. L’objectif de ce travail a été d’optimiser le pouvoir de discrimination du FT-IR pour le typage de souches de Salmonella enterica au sein de différents sérogroupes et sérotypes. Pour cela, 110 souches (7 sérotypes) issues des prélèvements de l’AFSCA en 2024 ont été analysées par triplicats techniques et biologiques et en se concentrant sur la région spectrale 1300–800 cm⁻¹ correspondant aux hydrates de carbone. L’analyse statistique a combiné l’Analyse en Composantes Principales (ACP) pour visualiser les regroupements, et l’Analyse Discriminante Linéaire (ADL) pour maximiser la séparation entre classes. Les résultats ont montré que les sérotypes S. Paratyphi B var. Java, S. Livingstone et S. Virchow étaient discriminés à 100%, tandis que S. Typhimurium et S. Derby présentaient un taux de typage correct supérieur à 80 %, mais parfois avec des erreurs de classification (l’incapacité de l’IR Biotyper à donner le sérogroupe correct d’une souche) 5 souches sur 28 et 3 souches sur 16 respectivement. L’ACP et la LDA ont permis une bonne visualisation des différences entre sérogroupes (O:4 et O:7), mais ont révélé des difficultés à différencier certains sérotypes proches souche Sa 0208 (S. Rissen) proche des sérotypes appartenant au sérogroupe O:4). Les analyses spectrales réalisées par FT-IR sur les souches de Salmonella enterica ont permis d’obtenir des profils d’absorption cohérents. La comparaison avec les données issues de l’étude antérieure menée par Sarah Guerriat, dans des conditions expérimentales identiques, a révélé une forte similarité des spectres, en particulier pour les sérogroupes O:4 et O:7. Cette concordance a permis de valider la reproductibilité des résultats et de confirmer la stabilité des spectres FT- IR dans un contexte de routine. Ces observations soutiennent l’intégration des nouvelles données dans la base spectrale existante, renforçant ainsi la fiabilité du modèle de discrimination Le FT-IR constitue un outil rapide et fiable pour le typage initial de Salmonella enterica, offrant une bonne reproductibilité au niveau des sérogroupes en conditions contrôlées. Malgré une discrimination limitée des sérotypes, son usage en routine permet une présélection pertinente avant des analyses plus ciblées.