Stage et Travail de fin d'étude : Recherche de gènes marqueurs de Clostridium botulinum dans des poissons fermentés et fumés du Cambodge (Prahok)

Abstract

Le Prahok est un produit traditionnel cambodgien à base de poisson fermenté, largement consommé mais fabriqué de manière artisanale, souvent dans des conditions d’hygiène et de stockage variables. Ce type de procédé peut favoriser la présence de microorganismes d’intérêt sanitaire, parmi lesquels Clostridium botulinum, une bactérie anaérobie sporulée capable de produire des neurotoxines responsables du botulisme, une intoxination alimentaire rare mais potentiellement mortelle. L’objectif de ce travail était d’évaluer la présence éventuelle de souches neurotoxigènes de Clostridium botulinum dans des échantillons de Prahok, en utilisant des méthodes de biologie moléculaire. L’étude s’est principalement appuyée sur la mise en place et la validation d’un protocole de PCR ciblant le gène ntnh, marqueur conservé du complexe génétique codant pour les neurotoxines botuliques, ainsi que sur la recherche des gènes bont B, C, D et E. Au total, 50 échantillons de Prahok et 25 échantillons de poissons fumés ont été analysés en parallèle de contrôles positifs et négatifs. Les résultats montrent que l’amplification du gène ntnh n’a été observée que pour les souches neurotoxiques utilisées comme contrôles positifs, tandis qu’aucun des échantillons testés n’a présenté de bande de taille attendu. De même, aucune amplification des gènes codant pour les neurotoxines botuliques B, C, D et E n’a été détectée dans les échantillons analysés. Ces résultats suggèrent l’importance de la recherche des gènes de souches productrices de toxines de Clostridium botulinum par les méthodes moléculaires, malgré la présence importante de bactéries du genre Clostridium mise en évidence par des analyses métagénomiques antérieures. Ce travail souligne l’intérêt de la PCR ciblant le gène ntnh en tant qu’outil fiable de dépistage du risque botulinique et contribue à l’évaluation de la sécurité microbiologique des produits traditionnels de poisson fermenté.