Etude du « Read Through » et du « Trans-Splicing » induits par la chimiothérapie in vitro

Abstract

Des résultats de RNA-Seq de cellules de carcinome mammaire (MCF7) traitées ou non par le cisplatine ont montré que le traitement régule > 700 évènements de transcription et de cis-épissage alternatifs. Les résultats bruts de séquençage ont été ré-analysés par un logiciel dédié à la détection de transcrits chimériques (EricScript, collaboration avec le Prof. H. Li, Charlottesville, USA) issus de processus de « read-through », trans-épissage inter- et intra-chromosomique et de cis-épissage entre gènes se recouvrant. Cent cinquante quatre évènements, dont une majorité de trans-épissage (78 %) et de read-through (18%) ont été identifiés in silico, principalement dans les cellules traitées par le cisplatine. L’analyse de ces résultats indique qu’une majorité (70 %) de bordures à la jonction des transcrits chimériques obéit à la règle du spliceosome majeur (règle GU-AG). Les séquences probables des transcrits chimériques et des protéines qui en découlent ont été établies. Un certain nombre d’évènements ont été validés par rétro-transcription, qPCR et électrophorèse sur gel d’acrylamide, en utilisant des « No template controls », des « No reverse transcriptase controls » et, dans certains cas, des ARN de Danio rerio comme contrôle supplémentaire. Des validations par séquençage de Sanger n’ont permis ni de valider complètement ni d’invalider les transcrits chimériques. La validation d’un évènement au niveau protéique par western blot n’a pas été possible à cause d’un manque de réactivité des anticorps. EricScript détecte certains transcrits chimériques uniquement dans les cellules non traitées, uniquement dans les cellules traitées, ou dans les deux. Nos quantifications par RT-qPCR sont en accord avec ces données pour certains transcrits chimériques mais pas pour d’autres. Le traitement par d’autres agents chimiothérapeutiques, la camptothécine et la doxorubicine, induit une régulation d’expression semblable au cisplatine. L’expression de quelques transcrits chimériques a été étudiée dans d’autres types cellulaires. Les résultats indiquent que certains évènements sont communs aux différentes cellules testées, d’autres plus spécifiques, et certains observés uniquement dans les MCF7. Nos résultats suggèrent fortement l’existence de transcrits chimériques générés par read-through et trans-épissage, et la régulation de leur expression par la chimiothérapie.