Étude de l'évolution et de la diversification fonctionnelle des PEBPs chez les végétaux
Nix, Benoît
Promoteur(s) :
Périlleux, Claire
Date de soutenance : 7-sep-2018 • URL permanente : http://hdl.handle.net/2268.2/5441
Détails
Titre : | Étude de l'évolution et de la diversification fonctionnelle des PEBPs chez les végétaux |
Auteur : | Nix, Benoît ![]() |
Date de soutenance : | 7-sep-2018 |
Promoteur(s) : | Périlleux, Claire ![]() |
Membre(s) du jury : | Baurain, Denis ![]() Meyer, Patrick ![]() Bouché, Frédéric ![]() Hanikenne, Marc ![]() |
Langue : | Français |
Nombre de pages : | 84 |
Discipline(s) : | Sciences du vivant > Biochimie, biophysique & biologie moléculaire |
Public cible : | Etudiants |
Institution(s) : | Université de Liège, Liège, Belgique |
Diplôme : | Master en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité spécialisée en bioinformatique et modélisation |
Faculté : | Mémoires de la Faculté des Sciences |
Résumé
[fr] Chez Arabidopsis thaliana, de petites protéines, appartenant à une famille représentée dans
l’ensemble du monde vivant et nommée PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE BINDING
PROTEINs (PEBPs), ont été identifiées comme régulateurs centraux de la transition florale.
Ces protéines connues sous le nom de FLOWERING LOCUS T (FT) et TERMINAL FLO-
WER 1 (TFL1), ainsi que leurs orthologues dans l’ensemble des plantes à fleurs, sont respecti-
vement impliquées dans l’induction et l’inhibition de la floraison. Cependant, les études menées
sur des espèces variées révèlent aussi une grande diversification fonctionnelle des PEBPs qui
contrôlent, par exemple, la tubérisation de la pomme de terre, la croissance indéterminée
de la tomate, la juvénilité de certains arbres ou encore le repos hivernal des bourgeons. La
compréhension de cette diversification fonctionnelle est limitée. Dès lors, dans le cadre de ce
mémoire, des techniques phylogénétiques ont été employées pour comprendre la diversification
fonctionnelle des PEBPs des plantes à fleurs. Pour ce faire, nous avons d’abord sélectionné 43
génomes de qualité, répartis équitablement d’un point de vue taxonomique. Ces génomes ont
servi à l’élaboration d’un arbre phylogénétique des PEBPs. La diversité des PEBPs au sein
des plantes à fleurs s’explique par deux événements de duplication. L’arbre phylogénétique
des PEBPs que nous avons obtenu nous permet de confirmer l’hypothèse de Liu et al. (2016)
selon laquelle l’événement de duplication le plus récent s’est déroulé chez l’ancêtre commun
des plantes à graines. Cependant, des analyses supplémentaires sont requises pour affirmer
que la duplication ancestrale a eu lieu lors de la séparation de l’ancêtre commun des plantes à
graines avec le reste des plantes terrestres. Un arbre phylogénomique généré par jackknife et
PhyloBayes a été utilisé pour identifier, via l’utilisation de BayesTraits, les taxons concernés
par des événements de gain ou de perte de caractères phénotypiques potentiellement régulés
par les gènes orthologues de TFL1. Les plantes à fleurs ont subi une diversification évolu-
tive explosive, rendant l’obtention d’un arbre phylogénétique complexe. Or, une topologie
fixée est nécessaire pour estimer les événements de gain et de perte d’un caractère et inférer
l’état des caractères ancestraux. Des améliorations, telles que l’élimination des séquences peu
congruentes et l’augmentation du nombre de gènes étudiés, nous permettront de consolider
l’arbre des espèces et de mieux comprendre l’évolution des plantes à fleurs.
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