Caractérisation physico-chimique et microbiologique des fromages fermiers

Abstract

La flore bactérienne présente au sein des fromages peut être originaire du lait de départ, de l’équipement et environnement de production ou provenir de l’ajout de ferments lactiques en cours de fabrication. Le but du travail a été d’étudier et de caractériser d’un point de vue écologique la communauté bactérienne présente au sein des fromages fermiers, à la sortie de production. L’étude s’est portée sur 26 fromages fermiers (frais, à pâtes molles ou à pâtes pressées) à base de lait cru ou pasteurisé, et d’origine animale variable : vache, chèvre ou brebis. La flore bactérienne a été étudiée par métagénétique. Le gène codant pour l’ARN ribosomique 16s a été séquencé. Les séquences obtenues ont été regroupées dans une table d’unités taxonomiques opérationnelles (OTUs) par phylotypes jusqu’au niveau de l’espèce. Au sein des échantillons de fromages, 11 genres bactériens ont été détectés à plus de 0,1 % d’abondance relative. Deux genres bactériens sont dominants au sein des fromages analysés : Lactococcus et Streptococcus. Lactococcus est présent au sein des échantillons à des abondances relatives élevées (64,95 % à 97,12 %) dans tous les types de fromage, pour tous les types de lait, et pour toutes les origines animales. L’abondance relative de Streptococcus variait entre 1,02 % et 29,40 %. En les masquant, le nombre de genres présents au sein de tous les échantillons augmente jusqu’à 44. Les principaux genres retrouvés sont Brevibacterium, Bifidobacterium, Brachybacterium, Leuconostoc, Microbacterium, Staphylococcus et Bacteroides. Avec le masquage des deux genres dominants, leur abondance relative est respectivement de 27,57 %, 21,09 %, 8,97 %, 6,19 %, 5,35 %, 5,28 % et 5,19 %. En étudiant la diversité α (la richesse et la diversité), aucune différence significative n’a pu être mise en évidence selon le type de fromage, le type de lait, ou l’origine du lait. Cependant, la diversité β a mis en avant une différence significative entre les fromages frais et les pâtes molles, ainsi qu’entre les fromages frais et les pâtes pressées. De plus, des différences significatives entre le type de lait utilisé et entre les fromages au lait de chèvre et de brebis ont été relevées. L’analyse en composante principale n’a pas permis de distinguer les types de fromages en fonction de leur communauté microbienne, mais a tout de même pu mettre en avant des tendances selon les genres pour certains fromages. Un second objectif a été de caractériser les fromages selon des paramètres physico-chimiques tels que le pH ou l’aw. Les fromages frais, à pâtes molles et pâtes pressées ont présenté un pH moyen (± écart-type) de 4,44 ± 0,16, 5,63 ± 0,57 et 5,74 ± 0,19, respectivement. Leur activité d’eau moyenne (± écart-type) était respectivement de 0,99 ± 0,00, 0,97 ± 0,01 et 0,96 ± 0,01.