Etude des résistances aux antibiotiques d'Escherichia coli isolés de fèces de primates en milieu sauvage ou captif

Abstract

L’utilisation massive et non-raisonnée des antibiotiques a contribué au développement et à la dissémination de souches résistantes entrainant une diminution de l’efficacité, voire parfois une inefficacité totale, des antibiotiques. La résistance peut survenir via une mutation génétique affectant le chromosome de la bactérie, on parle alors de résistance chromosomique; ou bien être liée à l’acquisition de matériel génétique étranger via, par exemple, un plasmide porteur d’un ou plusieurs gènes de résistance en provenance d’une autre bactérie. L’étude d’Escherichia coli (E. coli), bactérie présente naturellement dans les intestins des mammifères, est un bon indicateur des potentielles résistances qui circulent au sein d’une population. Au total, 37 souches d’E.coli isolées de matières fécales de primates sauvages (28 souches) et captifs (9 souches) ont été étudiées dans une partie expérimentale. Des antibiogrammes composés de 9 antibiotiques ont été réalisés dans le but d’analyser le profil de chaque souche. Concernant la population sauvage, 3 souches ont donné des résultats <Résistant>, une à la colistine; une à la céfoxitine et des résultats <Intermédiaire> à l’amoxicilline et l’amoxicilline/acide clavulanique et une à l’amoxicilline ainsi que des résultats <Intermédiaire> à la céfoxitine et l’amoxicilline/acide clavulanique. Quatre souches ont donné un résultat <Intermédiaire> à la colistine dont une également à l’amoxicilline. Pour la population captive, 8 souches ont donné un résultat <Intermédiaire> à la colistine et 1 souche a donné un résultat <Résistant> à la colistine et au méropénème et <Intermédiaire> à la céfoxitine et à la cefquinome. Toutes les souches ayant donné un résultat <Résistant> ou <Intermédiaire> à la colistine ont été analysées de manière plus approfondie par l’étude de la Concentration Minimale Inhibitrice qui a mis en évidence la résistance d’1 souche provenant de la population sauvage et de 2 provenant de la population captive. Les ADN de ces 3 souches ont ensuite été soumis à une PCR (Polymerase Chain Reaction) afin de caractériser génétiquement ces résistances en cherchant la présence d’un des gènes mcr-1, mcr-2, mcr-3, mcr-4 ou mcr-5. Le gène mcr-1 a été identifié chez une des souches provenant du groupe de primates captifs.