Génétique de la conservation des populations de loutres Lutra lutra du bassin versant de l'Hérault (France)

Abstract

Autrefois largement distribuée sur toute la France, la Loutre d’Europe Lutra lutra (Linnaeus, 1758) a vu ses populations se réduire à quelques noyaux isolés au milieu du XXe siècle, à cause de pressions anthropiques. Grâce à sa protection légale, l’espèce a pu être sauvée de l’extinction et recolonise, depuis une trentaine d’années, son ancienne aire de répartition. Dans ce contexte, le bassin versant de l’Hérault a connu le retour de la Loutre dans ses rivières entre 2001 et 2003. Cependant, très peu de données sont actuellement disponibles concernant les loutres vivant dans ce bassin versant, celui-ci présentant une détérioration notable de son habitat entre sa partie amont et aval. Ce mémoire a pour premier objectif de caractériser les populations de loutres de l’Hérault en déterminant le nombre d’individus présents, leurs liens de parenté ainsi que leur diversité génétique. La basse vallée présentant un habitat moins propice à la Loutre, il sera alors question d’évaluer si les individus observés sont erratiques ou sédentaires. Un second objectif sera d’identifier l’origine potentielle des loutres vivant dans le bassin versant de l’Hérault. La collecte de matériel non invasif dans le bassin versant de l’Hérault a permis de rassembler 72 épreintes qui ont ensuite été analysées au niveau de 14 marqueurs microsatellites. Cela a donné des résultats très optimistes pour la conservation de la Loutre d’Europe dans l’Hérault. En effet, un grand nombre de loutres a pu être identifié (N=29) sur le bassin versant, de même que des liens potentiels de parenté entre individus, notamment entre la basse et la haute vallée. La basse vallée n’est probablement pas occupée par des individus erratiques et il est donc possible qu’on soit en présence d’individus sédentarisés malgré un habitat plus dégradé. De plus, ces loutres apparaissent en bonne santé génétique (bonne richesse allélique, peu de risque de consanguinité), ce qui leur donne la capacité de s’adapter à un environnement changeant. Cette diversité génétique provient d’une part, des flux géniques importants révélés entre l’amont et l’aval du bassin versant et d’autre part, des mélanges génétiques se créant entre individus d’origines diverses. En effet, le bassin versant de l’Hérault formerait une zone de rencontre entre les lignées génétiques des Pyrénées, du Limousin et de la région Rhône-Alpes. Une enquête sociale a également été conduite en parallèle afin de mieux comprendre le rôle que peut jouer la Loutre d’Europe dans la conservation de la nature. Les différents organismes interrogés reconnaissent l’effet fédérateur que la Loutre peut avoir dans l’élaboration de projets communs de conservation. Ils soulignent également qu’elle peut être utilisée comme un outil non négligeable dans les actions de sensibilisation à l’environnement. La bonne santé génétique des populations de loutres de l’Hérault est un atout considérable pour assurer leur survie sur le long terme. Néanmoins, afin de préserver l’espèce et de favoriser son installation pérenne dans l’ensemble du bassin versant de l’Hérault, il sera nécessaire d’améliorer la qualité de son habitat.