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Faculté de Médecine
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MASTER THESIS
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Évaluation du séquençage à haut débit (NGS) combiné à un outil bioinformatique pour la caractérisation complète de l'infection au streptococcus agalactiae et le remplacement des méthodes actuellement utilisées par le laboratoire

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Egrek, Sabrina ULiège
Promotor(s) : SACHELI, Rosalie ULiège
Date of defense : 5-Jul-2021 • Permalink : http://hdl.handle.net/2268.2/12475
Details
Title : Évaluation du séquençage à haut débit (NGS) combiné à un outil bioinformatique pour la caractérisation complète de l'infection au streptococcus agalactiae et le remplacement des méthodes actuellement utilisées par le laboratoire
Author : Egrek, Sabrina ULiège
Date of defense  : 5-Jul-2021
Advisor(s) : SACHELI, Rosalie ULiège
Committee's member(s) : CAPRARO, Valérie ULiège
Poulet, Christophe ULiège
Hanikenne, Marc ULiège
Language : French
Number of pages : 76
Keywords : [fr] GBS, Streptococcus agalactiae, séquençage, NGS, bioinformatique
Discipline(s) : Life sciences > Microbiology
Institution(s) : Université de Liège, Liège, Belgique
Degree: Master en sciences biomédicales, à finalité approfondie
Faculty: Master thesis of the Faculté de Médecine

Abstract

[fr] Le Streptocoque du groupe B, également appelé Streptococcus agalactiae ou Group B Streptococcus (GBS), est une bactérie cocci à gram positif, présente naturellement dans le tractus gastro-intestinal et génital des porteurs sains. Ce pathogène opportuniste est responsable de la première cause d’infection néonatale chez les nouveau-nés. Elle se manifeste principalement par des septicémies et des méningites.
Ce travail de fin d’études s’inscrit dans le cadre de l’évaluation d’une nouvelle méthode de typage basée sur le séquençage à haut débit, ou « Next Generation Sequencing » (NGS). Ce dernier, combiné à l’outil bioinformatique « WGS typer », permet une caractérisation complète de la bactérie. L’objectif de ce TFE repose ainsi sur une comparaison entre les méthodes actuellement utilisées au laboratoire (PCR et MLST) et la nouvelle approche. Les facteurs ciblés sont le sérotype capsulaire, les protéines pili, les gènes de résistance et le « sequence type ».
Les résultats obtenus pour les 37 souches étudiées sont majoritairement similaires entre les deux démarches. Au vu des avantages du NGS, il fera prochainement l’objet d’une validation de méthode au sein du Centre National de Référence du GBS.


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Access SabrinaEgrek_TFE_version_finale.pdf
Description: le fichier posté sur Mathéo est différent de celui qui a été distribué en main propre. Les figures sont insérées dans le corps du texte et non sur le verso non numéroté
Size: 4.18 MB
Format: Adobe PDF

Author

  • Egrek, Sabrina ULiège Université de Liège > Master sc. bioméd., à fin.

Promotor(s)

Committee's member(s)

  • CAPRARO, Valérie ULiège Centre Hospitalier Universitaire de Liège - CHU > Unilab > Secteur commun biologie moléculaire
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  • Poulet, Christophe ULiège Centre Hospitalier Universitaire de Liège - CHU > Département de médecine interne > Service de rhumatologie
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  • Hanikenne, Marc ULiège Université de Liège - ULiège > Département des sciences de la vie > Génomique fonctionnelle et imagerie moléculaire végétale
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