Etude génétique des populations de loutres captives dans différents zoos européens et relations avec les populations sauvages: implications pour de futurs projets de réintroduction

Abstract

A l’heure actuelle, on considère que la terre est en proie à une sixième extinction de masse, principalement d’origine anthropique. L’homme a donc entrepris diverses actions, notamment des programmes de réintroduction d’espèces, afin de protéger et de ré-augmenter la biodiversité. Cependant, certaines espèces semblent moins touchées par cette sixième extinction et tendent même, comme c’est le cas pour la loutre européenne Lutra lutra, à recoloniser naturellement leur aire de répartition originelle. Plusieurs études récentes tendent à montrer que le succès de la recolonisation de la loutre en France serait dû à une diversité génétique élevée, découlant de la remise en contact de plusieurs lignées provenant de zones refuges, où l’espèce s’est maintenue durant les années de sa persécution par l’homme. Malgré cela, plusieurs programmes de réintroduction de l’espèce dans son milieu naturel ont été proposés dernièrement, sur base de réservoirs biologiques d’individus captifs. L’objectif de ce mémoire est donc double : d’une part, apporter de nouvelles connaissances quant à la structuration génétique des populations de loutres sauvages en France (et plus particulièrement au niveau de fronts de colonisation de l’espèce en direction de la Belgique, comme la Bourgogne), et ainsi de mieux comprendre les raisons de sa recolonisation naturelle ; d’autre part, étudier la génétique d’individus captifs provenant d’un grands nombre de zoos européens, afin de déterminer si ces derniers appartiennent aux mêmes souches génétiques que les individus sauvages français et par là, appréhender l’intérêt ou non de programmes de réintroductions à partir de ces populations captives. Dans le cadre de ce mémoire, 195 échantillons de loutres sauvages et captives, sous forme de fèces ou de tissus ont donc été analysés, dans le but d’en caractériser les génotypes, via l’étude de 15 loci microsatellites. Ces résultats ont été associé à une large base de données déjà disponible au sein de notre laboratoire, permettant la comparaison de 477 individus largement distribués sur l’ensemble de la France. Concernant les individus sauvages en France, 5 lignées (Lignée du massif centrale, lignée du Limousin, lignée de la façade atlantique, lignée espagnole et pyrénéenne) ont été mises en évidence, avec une population bretonne, qui semble être la plus isolée des 4 autres lignées. Cependant, ces 5 lignées semblent se trouver en contact de plus en plus fréquent, car plusieurs individus hybrides entre ces différentes lignées ont été mis en évidence. Au niveau de la Bourgogne, la grosse majorité des individus appartiendrait à la lignée limousine, mais quelques hybrides avec d’autres lignées (ex : Bretagne) ont également été relevés. Cette population présente un indice de consanguinité relativement faible, suggérant une « bonne santé génétique ». Cette population pourrait ainsi continuer sa progression jusqu’à arriver d’ici quelques années en Belgique. Concernant les individus captifs, plusieurs allèles rares, absents dans les populations sauvages ont été mis en évidence. Ceci suggère que ces individus sont de possibles hybrides avec des lignées absentes en France, voire même avec une sous-espèce asiatique. Dans l’attente d’une étude plus précise concernant uniquement ces loutres captives et intégrant des comparaisons avec des lignées pures de sous-espèces asiatiques, il serait préférable de ne pas lancer de programme de réintroduction de l’espèce, d’autant plus que celle-ci est en train de recoloniser son aire de répartition originelle de manière naturelle.