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MASTER THESIS
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Étude de l'évolution et de la diversification fonctionnelle des PEBPs chez les végétaux

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Nix, Benoît ULiège
Promotor(s) : Périlleux, Claire ULiège
Date of defense : 7-Sep-2018 • Permalink : http://hdl.handle.net/2268.2/5441
Details
Title : Étude de l'évolution et de la diversification fonctionnelle des PEBPs chez les végétaux
Author : Nix, Benoît ULiège
Date of defense  : 7-Sep-2018
Advisor(s) : Périlleux, Claire ULiège
Committee's member(s) : Baurain, Denis ULiège
Meyer, Patrick ULiège
Bouché, Frédéric ULiège
Hanikenne, Marc ULiège
Language : French
Number of pages : 84
Discipline(s) : Life sciences > Biochemistry, biophysics & molecular biology
Target public : Student
Institution(s) : Université de Liège, Liège, Belgique
Degree: Master en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité spécialisée en bioinformatique et modélisation
Faculty: Master thesis of the Faculté des Sciences

Abstract

[fr] Chez Arabidopsis thaliana, de petites protéines, appartenant à une famille représentée dans
l’ensemble du monde vivant et nommée PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE BINDING
PROTEINs (PEBPs), ont été identifiées comme régulateurs centraux de la transition florale.
Ces protéines connues sous le nom de FLOWERING LOCUS T (FT) et TERMINAL FLO-
WER 1 (TFL1), ainsi que leurs orthologues dans l’ensemble des plantes à fleurs, sont respecti-
vement impliquées dans l’induction et l’inhibition de la floraison. Cependant, les études menées
sur des espèces variées révèlent aussi une grande diversification fonctionnelle des PEBPs qui
contrôlent, par exemple, la tubérisation de la pomme de terre, la croissance indéterminée
de la tomate, la juvénilité de certains arbres ou encore le repos hivernal des bourgeons. La
compréhension de cette diversification fonctionnelle est limitée. Dès lors, dans le cadre de ce
mémoire, des techniques phylogénétiques ont été employées pour comprendre la diversification
fonctionnelle des PEBPs des plantes à fleurs. Pour ce faire, nous avons d’abord sélectionné 43
génomes de qualité, répartis équitablement d’un point de vue taxonomique. Ces génomes ont
servi à l’élaboration d’un arbre phylogénétique des PEBPs. La diversité des PEBPs au sein
des plantes à fleurs s’explique par deux événements de duplication. L’arbre phylogénétique
des PEBPs que nous avons obtenu nous permet de confirmer l’hypothèse de Liu et al. (2016)
selon laquelle l’événement de duplication le plus récent s’est déroulé chez l’ancêtre commun
des plantes à graines. Cependant, des analyses supplémentaires sont requises pour affirmer
que la duplication ancestrale a eu lieu lors de la séparation de l’ancêtre commun des plantes à
graines avec le reste des plantes terrestres. Un arbre phylogénomique généré par jackknife et
PhyloBayes a été utilisé pour identifier, via l’utilisation de BayesTraits, les taxons concernés
par des événements de gain ou de perte de caractères phénotypiques potentiellement régulés
par les gènes orthologues de TFL1. Les plantes à fleurs ont subi une diversification évolu-
tive explosive, rendant l’obtention d’un arbre phylogénétique complexe. Or, une topologie
fixée est nécessaire pour estimer les événements de gain et de perte d’un caractère et inférer
l’état des caractères ancestraux. Des améliorations, telles que l’élimination des séquences peu
congruentes et l’augmentation du nombre de gènes étudiés, nous permettront de consolider
l’arbre des espèces et de mieux comprendre l’évolution des plantes à fleurs.


File(s)

Document(s)

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Access memoire-bnix.pdf
Description:
Size: 6.54 MB
Format: Adobe PDF

Author

  • Nix, Benoît ULiège Université de Liège > Master bioch. & biol. mol. & cel., à fin.

Promotor(s)

Committee's member(s)

  • Baurain, Denis ULiège Université de Liège - ULiège > Département des sciences de la vie > Phylogénomique des eucaryotes
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  • Meyer, Patrick ULiège Université de Liège - ULiège > Département des sciences de la vie > Biologie des systèmes et bioinformatique
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  • Bouché, Frédéric ULiège Université de Liège - ULiège > Département des sciences de la vie > Physiologie végétale
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  • Hanikenne, Marc ULiège Université de Liège - ULiège > Département des sciences de la vie > Génomique fonctionnelle et imagerie moléculaire végétale
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