Révision de la phylogénie des Pteropodidae africains (Mammalia, Chiroptera) impliqués dans l'écologie des Filoviridae

Abstract

Les fièvres hémorragiques induites par le virus Ebola et par le virus Marburg sont des zoonoses bien connues pour leur morbidité importante. Depuis 2005, plusieurs espèces de chauves-souris de la famille des Pteropodidae africains ont été identifiées comme réservoirs du virus Marburg et/ou comme réservoirs potentiels du virus Ebola suite à la présence d’anticorps ou de fragments de ces virus détectés chez ces chiroptères.

L’objectif principal de cette étude a été d’analyser l’histoire évolutive de ces espèces. La détermination de leur proximité évolutive a permis de mieux comprendre la transmission des virus et de mieux cibler les espèces potentiellement réservoirs. A cette fin, neufs arbres phylogénétiques ont été construits sous l’inférence bayésienne à partir du génome mitochondrial complet, de trois gènes mitochondriaux (le cytb, l’ARNr 12s et l’ARNr 16s associé à l’ARNt valine) et de cinq gènes nucléaires (RAG1, RAG2, VWF, BRCA1, FGB). Quatre arbres combinés ont également été construits à l’aide de deux méthodologies complémentaires. La première consiste à créer une « supermatrice » à partir d’approches de maximum de vraisemblance en utilisant le logiciel RAxML. La deuxième consiste à construire un « superarbre » avec le logiciel ASTRAL à l’aide de différents arbres de gènes créés sous l’inférence bayésienne.

Les arbres combinés assurent une meilleure topologie que les arbres de chaque gène car ils permettent de s’affranchir des « polytomies » observées au sein de ceux-ci et de différencier les espèces M. pusillus et E. gambianus. Cependant, les arbres combinés présentent de faibles robustesses pour la tribu Epomophorini ainsi que pour les espèces du genre Rousettus et de la sous-tribu Epomophorina. À contrario, la tribu Eidolon, Scotonycterini, Stenonycterini et la sous- tribu Myonycterina sont robustes pour chaque arbre combiné. Les espèces du genre Epomophorus sont, quant à elles, particulièrement peu résolues sous l’approche « superarbre ». Enfin, les arbres combinés, ont permis d’identifier les espèces E .buettikoferi, E. wahlbergi, N. veldkampii et M. leptodon comme de possibles réservoirs du virus Ebola (ZEBOV) et/ou du virus Marburg.

En conclusion, les arbres combinés ont démontré un pouvoir de résolution supérieur par rapport aux arbres obtenus avec chaque gène analysé séparément. Grâce à eux, l’identification de possibles espèces réservoirs a été rendue possible et permettra d’orienter de futures études pour mieux appréhender de nouvelles épidémies du virus Ebola et/ou du virus Marburg en Afrique